DiRE Table - Plos

Table S3:TFB consensus site enrichment using DiRE algorithm on all conserved beta cell marker genes and individual clusters

TFBs TAL1BETAITF2 S8 TCF11 P53 MYOGNF1 STAT4 OTX CART1 TST1 SOX9_B1 NKX62 VBP OCT1 OCT4 RSRFC4 RUSH1A ATF6 RFX1 NFE2 OLF1 NKX25 RFX RORA1 PIT1 XFD2 CREB PAX3 SF1 OCT HFH8 CDXA GRE NF1 STAF ZID HFH1 BACH2 LEF1TCF1 IPF1 SRF PAX6 ALPHACP1 PITX2 MRF2 TITF1 TATA TCF4 NKX22 Legend Cluster A Cluster B Cluster C

Mammalian Transcription Factor Tal1/beta-ITF2 Prx2, Prrx2 Nfe2l1, Nrf1 P53 Myog Stat4 Otx1/Otx2 Alx1 Tst1, Oct6 Sox9 Nkx6.2 Vbp Oct1, POU2AF1 Oct4, POU5F1 Mef2a Hltf Atf6 Rfx1 NF-E2 Ebf1/Olf1 Nkx2.5 Rfx family Rora1 Pit-1 HNF3/Fork Head Creb Pax3 Sf1/Nr5a1/Ad4bp Oct family HNF3 GRE Ctf/Nf1 Staf Zbtb6 HNF3 Bach2 Lef1/Tcf1 IPF1/PDX1 SRF Pax6 AlphaCP-1 Pitx2 Mrf2 Titf1/Nkx2.1 Tata Tcf7l2 Nkx2.2

neuron-beta beta-specific beta-hemato-gut

Human

Mouse

Rat

Importance in gene cluster All A B C



0.12 0.48 0.24 0.51 0.04 0.10 0.07 0.23 0.23 0.23 0.03 0.22 0.21 0.08 0.02

0.04 0.07 0.18 0.01 0.04 0.05 0.16 0.01 0.05 0.15 0.04 0.06 0.15

0.03 0.19 0.01 0.04

0.17 0.08 0.01 0.01

0.21 0.02 0.18 0.18 0.18 0.09 0.16 0.16

0.72 0.69 0.09 0.36 0.32

0.03 0.03 0.23 0.07 0.05 0.08 0.20 0.10 0.01 0.16 0.01 0.07

0.16

0.03 0.16 0.05

0.00 0.16 0.16 0.11 0.03 0.15

0.15 0.15 0.13

0.04 0.12 0.12

0.12

0.01 0.05 0.04

0.11 0.08 0.11

0.57 0.08 0.03 0.06 0.31 0.23

0.04 0.18 0.21 0.01 0.05 0.19 0.01

0.00 0.08 0.16 0.14 0.05 0.01 0.02

0.02 0.06 0.03 0.02

0.15 0.32 0.57 0.02

0.01 0.00 0.07 0.01 0.01

0.27

0.20 0.16 0.03

0.16 0.01 0.18 0.00 0.04 0.01 0.35

0.01 0.01 0.00

0.12 0.01

0.19

0.03 0.06 0.10

0.04 0.11

0.03 0.11

0.02

0.04 0.11 0.00

0.05 0.07 0.81 0.22

0.04

0.05 0.18 0.04

0.01 0.14 0.25 0.18 0.03

0.04

0.16 0.04 0.13 0.26 0.14 0.00 0.00 0.07

0.06 0.06 0.10 0.15

0.03 0.05

0.22

0.13 0.03

0.02 0.31 0.73 0.04

0.05 0.16

0.02 0.06 0.17 0.01

0.08 0.07 0.01 0.07

0.16 0.07 0.09 0.05

0.01 0.09 0.08

0.02 0.00 0.08

0.08

0.01

0.32

0.00 0.11

0.15 0.37

0.01

0.06 0.13

0.00 0.27

0.02

0.02 0.06

0.00

0.07 0.00

0.12 0.01 0.01 0.04 0.12 0.12 0.00

0.13 0.11

0.05 0.00 0.00 0.02

0.14 0.09 0.02

0.00 0.08 0.20 0.14 0.43

0.14 0.00 0.09 0.04 0.02

0.13 0.01 0.03

0.02

0.01

0.12 0.12 0.12

0.03

0.05 0.62

0.06 0.07 0.04

0.00

0.08 0.05

0.01 0.14

0.01 0.14 0.13 0.04

0.02

0.00 0.05

0.01

0.06 0.01 0.17 0.05 0.01 0.36

0.03

0.48 0.11

0.00

0.33

0.05 0.00

0.01 0.01 0.10 0.00

0.13 0.01 0.05

0.00 0.01

0.12 0.09 0.02 0.05

0.00 0.01 0.01

0.06 0.06 0.03 0.04

0.06 0.00

0.25

0.02 0.05 0.08 0.16