Dotlet - Journal of Cell and Molecular Biology

72 downloads 78058 Views 179KB Size Report
was the first dot plots software based on the internet then. ... ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/software/java/dotlet. .... Bu program protein ya da DNA dizilerinin 100,000.

Journal of Cell and Molecular Biology 7(2) & 8(1): 81-82, 2010 Haliç University, Printed in Turkey. http://jcmb.halic.edu.tr

Software Review

Dotlet©: powerful and easy strategy for pairwise comparisons Authors: Marco PAGNI & Thomas JUNIER, form the Swiss Institute of Bioinformatics in Epalinges, Switzerland. License: Freeware Dotlet at a glance For a molecular biologist, making dot plots are the simplest means for comparing two sequences. This is because dot or matrix plots provide an easy and powerful means of sequence analysis (Junier and Pagni, 2000). For instance, it is very useful in searching out regions of similarity between two sequences and repeats regions within a single sequence. In this regard, Dotlet is one of the most user-friendly dot-plot programs available over the internet. Dotlet program is a very convenient tool for making dot plots because of it is free of charge, easy to use, doesn’t need any installation, and can run on any computer that has access to internet. Recently, it has been extensively used to build pairwise comparisons in many peer-reviewed scientific articles.

Dotlet history The authors described the reason why they wrote dotlet as they needed a diagonal plot tool during their practical sessions in bioinformatics, in December 1998, at the Institute of Biochemistry in Switzerland. At that time, they needed a program that would run in a web browser based on the World-Wide Web. To my knowledge, this program was the first dot plots software based on the internet then.

Advantages and disadvantages of Dot plot Advantages -

Dotlet is very easy to use and free of charge.

-

Dotlet is an internet-based program that runs on (almost) any computer that has access to the internet.

-

Dotlet is not a server but a Java applet which means that everything Dotlet does, it does on your own computer offline.

-

Dotlet is safe to use because each sequence you compare with Dotlet stays on your computer

-

Dotlet can compare DNA, RNA and protein sequences.

Disadvantages -

It needs some training and good experience to interpret Dotlet results. In other words one must learn how to fine-tune Dotlet to yield an informative dot plot

-

Dotlet cannot work with long sequences (more than 10,000 amino acids or nucleotides).

-

The speed of the program depends on your own computer. The faster your computer, the faster Dotlet runs. Differences become apparent with sequences longer than 1.000 residues.

Dotlet contribution to research Many researchers in the field of Molecular biology have used Dotlet modules in building Pairwise Comparisons during their original research. With many hundreds of citations, Dot let is widely cited bioinformatic programs in biology. The freeware license and its efficient modules beside its quick ability to produce results make it one of the most popular programs for making Pairwise Comparisons nowadays.

Software Design -

Dotlet is an open source freeware. It can generate pairwise comparison for a given a couple of sequences of proteins or DNA. It has been built as a JAVA applet. The Dotlet source code is available free of charge for academic users.

82

 

The distribution is in ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/software/java/dotlet.

Limitations in use Dotlet is an ideal pairwise comparisons tool for sequences with lengths of less than 10,000 amino acids or nucleotides. So, it can be helpful for most proteins sequences but is restricted to small DNA sequences.

This program can use as long as 100.000 characters of either proteins or DNA sequences like Dnadot, However, it is designed to use Unix, Linux and Windows as a platform. It is available online on the following URL: http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotte r.html Dottup

(IBM users): http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet (Mac users): http://www.isrec.isb-sib.ch/java/dotlet/Dotlet.html

Although this program is also using the same range of DNA as the previous program, it can also be used for complete genomes. It also uses Unix and Linux as a platform. It is available online as a useful integrated module in emboss package. URL: http://emboss.sourceforge.net/

Other online dot plot programs

References

Dnadot

Junier T. and Pagni M. (2000) Dotlet: diagonal plots in a web browser. Bioinformatics. 16(2):178-9.

Dotlet availability online

This program can use a range of 100,000 long characters of either proteins or DNA sequences and it has been designed using Java language. Dnadot is available online on the following URL: http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/ http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/ Dotter

Ahmed MANSOUR Genetics Department, Faculty of Agriculture, Zagazig University, Egypt (author for correspondence; [email protected]) Received: 01 September 2008; Accepted: 11 December 2009

83

 

Dotlet©: İkili karşılaştırmalar için güçlü ve kolay strateji Yazarlar: Marco PAGNI & Thomas JUNIER, the Swiss Institute of Bioinformatics, Epalinges, Switzerland Lisans: Ücretsiz Kısa Bir Bakışla Dotlet Bir moleküler biyolog için, iki diziyi eşleştirmenin en basit yolu dot blot yapmaktır. Çünkü dot ya da matriks blotlar dizi analizini kolay ve güçlü şekilde sağlar. Örneğin, iki dizi arasındaki benzer bölgelerin ve bir dizideki tekrarlayan bölgelerin araştırılmasında çok kullanışlıdır. Bu bakımdan Dotlet internet yoluyla ulaşılabilen dot-plot programlarının en kullanıcı dostu olanıdır. Dotlet programı ücretsiz ve kolay kullanımlı olduğu, kuruluma ihtiyacı olmadığı ve internete girilebilen her bilgisayarda çalışabildiği için dot plotları yapmak için çok uygun bir araçtır. Son günlerde çok sayıda benzer bilimsel makalede ikili eşleştirmeleri yapmak için yaygın olarak kullanılmaktadır.

sonuç üretme yeteneğinin çabukluğu onu, ikili karşılaştırmaları yapmak için en popüler program haline getirmiştir.

Dot Plot’ın Avantajları ve Dezavantajları Avantajları ‐ ‐ ‐ ‐ ‐

Dotlet’in kullanımı kolay ve ücretsizdir. Dotlet internet tabanlı bir program olup internete bağlanabilen her bilgisayarda çalışabilir. Dotlet sunucu bir program değildir ama bilgisayarınız kapalıyken Dotlet’in yapabildiği her şeyi yapan bir Java uygulamasıdır. Dotlet’in kullanımı Dotlet ile karşılaştırdığınız her dizi bilgisayarınızda kaldığı için güvenlidir. Dotlet DNA, RNA ve protein dizilerini karşılaştırabilir.

Dotletin Tarihi

Dezavantajları

Yazarlar, dotlet programını yazmalarının sebebini Aralık 1998’de İsviçre’deki Biyokimya Enstitüsünde kendi biyoinformatik çalışmaları sırasında diyagonal bir plota ihtiyaç duymaları olarak açıkladılar. Bu arada world-wide web tabanlı web tarayıcısında çalışabilen bir programa da ihtiyaçları vardı. Bildiğim kadarıyla bu program o zamanlarda internet tabanlı ilk dot plot yazılımıydı.



Dotletin Araştırmalara Katkısı Moleküler biyolojinin bu sahasındaki çoğu araştırmacı kendi orijinal araştırmaları süresince ikili karşılaştırmaların yapılandırılmasında Dotlet modüllerini kullanmıştır. Yapılan yüzlerce atıfla Dotlet biyolojideki biyoinformatik programları arasındaki yerini almıştır. Bu günlerde ücretsiz yazılım lisansı ve onun etkili modülleri dışında

‐ ‐

Dotlet sonuçlarını yorumlamak için biraz alıştırma ve iyi bir deneyim gerekmektedir. Başka bir deyişle, bilgi verici bir dot plot sağlamak için Dotlet’e nasıl ince ayar yapılacağı öğrenilmelidir. Dotlet uzun diziler (10,000 amino asit ya da nükleotitten daha fazlası) ile çalışmayabilir. Programın hızı bilgisayarınıza bağlıdır. Bilgisayarınız ne kadar hızlıysa dotlet o kadar hızlı çalışır. 1000 rezidüden daha uzun diziler ile belirgin farklılıklar oluşabilir.

Yazılım Dizaynı Dotlet açık kaynaklı bedava bir yazılımdır. Verilen bir çift protein ya da DNA dizisi için ikili karşılaştırmalar üretebilir. Java uygula-macığı olarak yapılandırılmaktadır. Dotlet kaynak kodu akademik kullanıcılar için ücretsiz olarak erişilebilir.

84

 

Dağıtım:

URL: http://emboss.sourceforge.net/

ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/software/java/dotlet

Kaynaklar

Kullanım Sınırlamaları

Junier T. ve Pagni M. (2000) Dotlet: web tarayıcısındaki diyagonal plotlar. Biyoinformatik. 16(2):178-9.

Dotlet 10,000 amino asit ya da nükleotitten daha kısa uzunluktaki diziler için ideal bir ikili karşılaştırma aracıdır. Böylece çoğu protein dizileri için yardımcı olabilir ama ufak DNA dizileri için sınırlanmıştır.

Çevrimiçi Dotlet Erişilebilirliği IBM users): http://myhits.isb-sib.ch/cgibin/dotlet (Mac users): http://www.isrec.isbsib.ch/java/dotlet/Dotlet.html

Diğer Çevrimiçi Dot Plot Programları Dnadot Bu program protein ya da DNA dizilerinin 100,000 uzunluğundaki bir dizi karakterini kullanabilir ve Java dilini kullanarak dizayn edilebilir. Dnadot’a aşağıdaki URL ile çevrimiçi ulaşılabilir: http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/ http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/ Dotter Bu program da protein ya da DNA dizilerinin 100,000 uzunluğundaki bir dizi karakterini Dnadot gibi kullanabilir. Bununla birlikte, platform olarak Unix, Linux ve Windows kullanılarak dizayn edilebilir. Aşağıdaki URL ile çevrimiçi erişilebilir: http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotte r.html Dottup Bu program önceki program gibi DNA’nın aynı aralığını kullanmasına rağmen tüm genom için de kullanılabilir. Platform olarak Unix ve Linux kullanabilir. “Emboss” paketinde kullanışlı birleştirilmiş bir modül olarak çevrimiçi ulaşılabilir.

Ahmed MANSOUR Genetik Bölümü, Ziraat Fakültesi, Zagazig Üniversitesi, Mısır