Figure S1. - PLOS

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A/Albany/11/1968 QDLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTLVKTIT NDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GIDCTLIDAL LGDPHCDVFQ NETWDLFVER ...
Figure S1: Sequence alignment of HA1 of the viruses used in this study 10 | A/Albany/11/1968 QDLPGNDNST A/BCM/2/1968 .......... A/Albany/1/1969 .......... A/BCM/2/1969 .......... A/Albany/1/1970 .......... A/BCM/1/1970 .......... A/BCM/1/1972 ..F....... A/BCM/1/1973 ..F....... A/BCM/1/1974 ..F....... A/Albany/42/1975 .N........ A/BCM/3/1975 .......... A/BCM/1/1976 .......... A/BCM/11/1976 .N........ A/BCM/3/1977 .N........ A/BCM/1/1978 .NF....... A/BCM/1/1980 .N........ A/BCM/1/1981 .N........ A/BCM/1/1982 .N........ A/Memphis/33/83 .K........ A/Memphis/2/85 .K........ A/Memphis/2/1986 .K........ A/Memphis/3/88 .K........ A/Memphis/7/90 .K........ A/BCM/1/1991 .K........ A/BCM/2/1992 .K........ A/BCM/1/1993 .K........ A/Memphis/7/94 .K........ A/New York/696/1994 .K........ A/Memphis/9/95 .K........ A/Memphis/9/1996 .K........ A/Oklahoma/3003/96 .K........ A/Oklahoma/5098/96 .K........ A/Memphis/5/97 .K........ A/Memphis/14/1998 .KI....... A/Memphis/49/99 .K..V..... A/BCM/1/2001 .K........ A/BCM/1/2002 .K........ A/Memphis/27/2003 .K........ A/Oklahoma/323/03 .K........ A/Oklahoma/1992/05 .K........ A/Oklahoma/309/06 .K........ A/Oklahoma/483/08 .KF....... A/Oklahoma/5342/10 .K........ A/Oklahoma/5386/10 .K........ A/Oklahoma/2280/12 .KI.......

20 | ATLCLGHHAV .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

30 | PNGTLVKTIT .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....I..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....I..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....I..... ....I..... ....I..... ....I..... ....I..... ....I..... ....I..... ....I.....

40 | NDQIEVTNAT .......... D......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..H....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

50 | ELVQSSSTGK .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .........R .....F...R ......P..R ....N.P..R .......I.R ....G....R .........R .........R .....F...R .........R .........R ........SR .........G .........G ..I......G .........E .........E .........E .........E .........E

60 | ICNNPHRILD .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..D....... ..D....... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ...S...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DS...... ..DG..Q... ..DS...... ..DS..Q... ..DS..Q... ..DS..Q... ..DS..Q... ..DS..Q... ..DS..Q... ..DS..Q... ..DS..Q... ...S..Q... ...S..Q... ...S..Q...

70 | GIDCTLIDAL .......... ..N....... .......... ..N....... ..N....... .......... .......... ..N....... ..N....... ..N....... ..N....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN...V... .KN...V... .KN...V... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .KN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN....... .EN.......

80 | LGDPHCDVFQ .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......S.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. ..?....G.K .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. ....Q..G.. ....Q..G.. ....Q..G.. ....Q..G.. ....Q..G.. ....Q..G.. ....Q..G.. ....Q..G..

90 | NETWDLFVER .......... D......... .......... D......... D......... .......... .......... .......... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....I.. ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KE....... .KK....... .KK....... .KK....... .KK....... .KN....... .KK....... .KK....... .KK.......

100 | SKAFSNCYPY .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... TT.Y...... ...Y...... ...Y...... .T.Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...Y...... ...H...... ...H...... ...H......

110 | DVPDYASLRS .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... Y......... .......... ...G...... ...G...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....V.... .....V.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

120 | A/Albany/11/1968 LVASSGTLEF A/BCM/2/1968 .......... A/Albany/1/1969 .......... A/BCM/2/1969 .......... A/Albany/1/1970 .......... A/BCM/1/1970 .......... A/BCM/1/1972 .......... A/BCM/1/1973 .......... A/BCM/1/1974 .......... A/Albany/42/1975 .......... A/BCM/3/1975 .......... A/BCM/1/1976 .......... A/BCM/11/1976 .......... A/BCM/3/1977 ........K. A/BCM/1/1978 .......... A/BCM/1/1980 .......... A/BCM/1/1981 .......... A/BCM/1/1982 .......... A/Memphis/33/83 .......... A/Memphis/2/85 .......... A/Memphis/2/1986 .......... A/Memphis/3/88 .......... A/Memphis/7/90 .......... A/BCM/1/1991 .......... A/BCM/2/1992 .......... A/BCM/1/1993 .......... A/Memphis/7/94 .......... A/New York/696/1994 .......... A/Memphis/9/95 .......... A/Memphis/9/1996 .......... A/Oklahoma/3003/96 .......... A/Oklahoma/5098/96 .?........ A/Memphis/5/97 .......... A/Memphis/14/1998 .......... A/Memphis/49/99 .......... A/BCM/1/2001 .......... A/BCM/1/2002 .......... A/Memphis/27/2003 .......... A/Oklahoma/323/03 .......... A/Oklahoma/1992/05 .......... A/Oklahoma/309/06 .......... A/Oklahoma/483/08 .......... A/Oklahoma/5342/10 .......... A/Oklahoma/5386/10 .......... A/Oklahoma/2280/12 ..........

130 | ITEGFTWTGV .......... .......... .......... .......... .......... .S........ .N........ .N...N.... .N...N.... .N...N.... .N...N.... .N...N.... .N...N.... .N...N.... .N.S.N.... .N.S.N.... .N.S.N.... .N...N.... .N...N.... .N...N.... .N.D.N.... .N.D.N.... TN.D.N.... TN.D.N.... .N.D.N.... .N.D.N.... TN.N.N.... TN.N.N.... TN...N.... NN.S.N.... TN...N.... TN.S.N.... NN.S.N.... NN.S.N.... NN.S.N.... NS.S.N.... NN.S.D.... NN.S.D.... NN.S.N.... NN.S.N.... NN.S.N.... NN.S.N.... NN.S.N.... NN.S.N....

140 | TQNGGSNACK .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......S... ......S... ......Y... ......Y... ......Y... ..S...Y... ..S...Y... ..S...Y... ..S...Y... ..S...Y... ..S...YT.. ..S...Y... A.S...Y... A.S.E.Y... A.S...Y... A.D.K.Y... A.D.K.Y... A.D.K.Y... A.D.K.Y... A.D.K.Y... A...T.D... A.D.T.D..R A...T.Y... A...T.Y... A...T.S..Q A...T.S... A...T.S... ....T.S... ....T.S... ....T.S... ....T.SS.. ....T.S..I ....T.S..I ....T.S..I ....T.S..I

150 | RGPGSGFFSR .......... .......... .......... .......... .......... ...D...... ...D...... ...N...... ...D...... ...DN..... ...DN..... ...DNS.... ...DNS.... ...DNS.... ..SDNS.... ..SDNS.... ..SDNS.... ..SVNS.... ..SVNS.... ..SVNS.... ..SVNS.... ..SVNS.... ..SVKS.... ..SVKS.... ..SVNS.... ..SVNS.... ..SVNS.... ..SVNS.... ..SVNS.... .RSVKS.... ..SVKS...K ..SVKS.... .RSIKS.... .RSIKS.... .RSDKS.... .RSDKS.... .RSNKS.... .RSNKS.... .RSNNS.... .RSNNS.... .RSNNS.... .RSNNS.... .RSNNS.... .RSNNS....

160 | LNWLTKSGST .......... .......... .......... .......... .......... ....Y..... ....Y..... ....Y...T. ....Y..... ....Y..... ....Y..... ....YE.E.K ....Y..E.. ....YE.E.K ....YE.E.K ....YE.E.K ....YE.E.K ....YE.E.K ....YE.E.K ....YE.E.K ....HE.EYK ....HE.EYK ....HE.DYK ....HE.DYK ....H.LEYK ....H.LEYK ....H.LEYK ....H.LEYK ....H.LEYK ....H.LEYK ....H.LEYK ....H.LEYK ....HQLKYK ....HQLKYK ....HQLKYK ....HQLKYK .....HLKYK .....HLKYK .....HLKFK .....HLKFK .....H.KFK .....HLNFK .....HLNFK .....HLNFK

170 | YPVLNVTMPN .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...Q...... ...Q...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A...A... ..A.K..... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A....... ..A.......

180 | NDNFDKLYIW .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...S...... ...S...... .......... .......... .......... .G........ .G........ .G........ .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... .GK....... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... ..K....... .EK....... .EK....... .EK....... .EK....... .EK....... .EK....... .EK....... .E........ .EQ....... .EQ....... .EQ.......

190 | GVHHPSTNQE .......... .......... .......... .......... .......... .......D.. .......D.. .......D.. .......D.. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DK. .......DR. .......DR. .......DR. .......DR. .......DSD .......DSD .......DSD .......DSD .......DSD .......DSV .......DSV .......DSD .......DSD .......DSD .....G.DSD .....G.DSD .....G.DSD .....G.DSD .....G.DND .....G.DND .....G.DND .....G.DKD .....G.DKD .....G.DKD

200 | QTSLYVQASG .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..N....... ..N....... ..D....... ..D....... ..K....... ..N....... ..N....... ..N...R... ..N...R... ..N...R... ..N...R... ..N...R... ..N...R... ..N...R... ..N...R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... .......... .......... .......... .......S.. .....A.... .I...A.... .I...A.... .I...A.... .I...A.... .I...A.... .I...A.... .IF..A.... .IF..A.... .IF..A..A. .IF..A..A. .IF..A..A.

210 | RVTVSTRRSQ .......... .......... .......... .......... .......... ......K... ......K... ......K... ......K... K.....K... K.....K... .I....K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K.N. ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... K.....K... K.....K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... ......K... .I....K... .I....K... .I....K... .I....K... .I....K... .I....K... .I....K... .I....K...

220 | QTIIPNIGSR .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...T...... ......V... ......V... ......V... ......V... ......V... ......V... .......... .......... ..V....... ..V....... ..V....... ..V.....P. ..V....... ..V....... ..V....... ..V....... ..V....... ..V.....F. ..V..D..Y. ..V..D..Y. ..V....... ..V....... ..V......? ..VT...... ..V....... ..V....... ..V......G ..V....... ..V....... ..V....... ..V....... ..V....... ..V....... .AV....... .AV....... .AV.......

230 | A/Albany/11/1968 PWVRGLSSRI A/BCM/2/1968 .......... A/Albany/1/1969 .......... A/BCM/2/1969 .......... A/Albany/1/1970 .......... A/BCM/1/1970 .......... A/BCM/1/1972 .......... A/BCM/1/1973 .......... A/BCM/1/1974 .......... A/Albany/42/1975 .......... A/BCM/3/1975 .........V A/BCM/1/1976 .........V A/BCM/11/1976 .......... A/BCM/3/1977 .......... A/BCM/1/1978 .......... A/BCM/1/1980 .......... A/BCM/1/1981 .......... A/BCM/1/1982 .......... A/Memphis/33/83 .......... A/Memphis/2/85 .......... A/Memphis/2/1986 .......... A/Memphis/3/88 .......... A/Memphis/7/90 .......... A/BCM/1/1991 .......... A/BCM/2/1992 .......... A/BCM/1/1993 .......... A/Memphis/7/94 .......... A/New York/696/1994 .......... A/Memphis/9/95 .......... A/Memphis/9/1996 .....I.... A/Oklahoma/3003/96 .....I.... A/Oklahoma/5098/96 .....V.... A/Memphis/5/97 .....V.... A/Memphis/14/1998 .....V.... A/Memphis/49/99 .....V.... A/BCM/1/2001 .....V.... A/BCM/1/2002 ..G..V.... A/Memphis/27/2003 .R..DV.... A/Oklahoma/323/03 .R..DI.... A/Oklahoma/1992/05 .R..DIP... A/Oklahoma/309/06 .R..NIP... A/Oklahoma/483/08 .R..DIP... A/Oklahoma/5342/10 .R..DIP..V A/Oklahoma/5386/10 .R..DIP..V A/Oklahoma/2280/12 .R..NIP..V

240 | SIYWTIVKPG .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

250 | DVLVINSNGN .......... .......... .......... .......... .......... .I........ .I........ .I........ .I........ .I........ .I........ .I.L...... .I.L...... .I.L...... .I.L...... .I.L...... .I.L...... .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T.. .I.L...T..

260 | LIAPRGYFKM .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......H... .......... .......... .........V .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I .........I

270 | RTGKSSIMRS .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .N........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .N........ .N........ .N........ .N........ .N........ .S........ .S....V... .R........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........ .S........

280 | DAPIDTCISE .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... ....G..... ....G..... ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.G ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....G..S.. ....GN.R.. ....GN.S.. ....GN.S.. ....GN.S.. .....N.N.. .....N.N.. .....N.N.. .....N.N.. ....GK.N.. N...GK.N.. ....GK.N.. ....GK.N.. ....GK.N.. ....GK.N.. ....GK.N.. ....GK.N.. ....GK.N.. ....GK.N.A ....GK.N.A ....GK.N.A

290 | CITPNGSIPN .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

300 | DKPFQNVNKI .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........R. ........R. ........R. .......... ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R. ........R.

310 | TYGACPKYVK .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...T...... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R..R ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R..R ......R... ......R... ......R... ...P..R... ......R... ......R.I. ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R... ......R...

320 | QNTLKLATGM .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

330 | RNVPEKQTRG .......... .......... .......... .......... .........? .........? .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........K. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

Generated by the Influenza Sequence Database Macken, C., Lu, H., Goodman, J., & Boykin, L., "The value of a database in surveillance and vaccine selection." in Options for the Control of Influenza IV. A.D.M.E. Osterhaus, N. Cox & A.W. Hampson (Eds.) Amsterdam: Elsevier Science, 2001, 103-106. A dot indicates the amino acid is the same as on the top line. Sequons for N-linked glycosylation are highlighted in yellow.