Oasis, The Online Abstract Submission System

5 downloads 2031 Views 541KB Size Report
Oct 1, 2015 - For technical inquiries, click here to contact OASIS Helpdesk or call ... Powered by OASIS, The Online Abstract Submission and Invitation ...
10/1/2015

Oasis, The Online Abstract Submission System

  Print this Page for Your Records

Close Window

Please review your work, no changes will be made after the revision deadline, October 5, 2015 at 11:59 PM EST.

Control/Tracking Number: 16­A­2858­BPS Activity: Abstract Current Date/Time: 10/1/2015 3:47:04 PM PROTEIN SEQUENCE OPTIMIZATION WITH A POLARIZABLE FORCE FIELD: INSIGHTS FROM PDZ DOMAINS 

Author Block: Jacob M. Litman1, Young Joo Sun1, Titus Hou1, Stephen D. LuCore2, Nicolas Panel3, Thomas Simonson3, Ernesto J. Fuentes1, Michael J. Schnieders1.  1Biochemistry Department, The University of Iowa, Iowa City, IA, USA, 2Biomedical Engineering Department, The University of Iowa, Iowa City, IA, USA, 3Laboratoire de Biochimie, Ecole

Polytechnique, Palaiseau, France.  Abstract: Computational protein design (CPD) success is currently limited by a number of approximations, which often results in lists of candidate sequences with only a handful of genuine hits. Using a recent extension of the dead­end elimination (DEE) algorithm to many­body potentials, we are able to complement pairwise CPD energy functions with the polarizable AMOEBA force field in a self­consistent reaction field generalized Kirkwood continuum solvent. Results from energetic decompositions and preliminary sequence optimizations suggest solvent effects greatly dampen all but a handful of short­range three­residue interactions. Decompositions with a wild­type dielectric boundary only slightly reduce this damping, suggesting minimal impact of long­ range 3­residue energies in implicit solvent models. In addition to these decompositions, we show preliminary sequence optimizations of PDZ domain­ligand complexes using both AMOEBA and OPLS­AA force fields. Differences are observed for both side­chain rotamer preferences and for optimal amino acid sequence. These results pose a series of questions not just about fixed­charge, pairwise decomposable sequence design models, but also our novel polarizable, many­body optimization algorithms and how to use both approaches synergistically.  : Author Disclosure Information:  J.M. Litman: None. Y. Sun: None. T. Hou: None. S.D. LuCore: None. N. Panel: None. T. Simonson: None. E.J. Fuentes: None. M.J. Schnieders: None.  Presentation Preference (Complete):       : Platform or Poster      If Yes, please provide the information below.: Yes      Full Name: : Michael Schnieders      Phone Number: : 6509953526      Email Address: : michael­[email protected]       Sponsorship (Complete):       * Are you a 2016 BPS Member?: Yes      * Sponsor Full Name: : Michael Schnieders      * Sponsor Email Address: : michael­[email protected]       Topic (Complete):  1B Protein Structure, Prediction & Design ;  1A Protein Structure & Conformation  Technique (Complete):       First Selection: Molecular Modeling      Second Selection: Molecular Dynamics Simulations      Third Selection: Bioinformatics      Fourth Selection: X­Ray Crystallography       Payment (Complete): Your credit card order has been processed on Thursday 1 October 2015 at 3:30 PM. Status: Complete Biophysical Society 11400 Rockville Pike, Suite 800 Rockville, MD 20852 Phone: 240­290­5600 For technical inquiries, click here to contact OASIS Helpdesk or call 217­398­1792.

Leave OASIS Feedback Powered by OASIS, The Online Abstract Submission and Invitation System SM © 1996 ­ 2015 Coe­Truman Technologies, Inc. All rights reserved.

http://www.abstractsonline.com/submit/SubmitPrinterFriendlyVersion.asp?ControlKey=%7BAF63B8A9%2DDA1F%2D43FA%2DAA64%2DECBDE961607A%7D…

1/2

10/1/2015

Oasis, The Online Abstract Submission System

http://www.abstractsonline.com/submit/SubmitPrinterFriendlyVersion.asp?ControlKey=%7BAF63B8A9%2DDA1F%2D43FA%2DAA64%2DECBDE961607A%7D…

2/2