Package 'vegan'

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Sep 7, 2016 - Function rarefy finds estimated number of species for given sample size. .... are either "vectors" or "factors" (with synonyms "bp" or "cn", resp.). w.

Package ‘vegan’ September 7, 2016 Title Community Ecology Package Version 2.4-1 Date 2016-09-07 Author Jari Oksanen, F. Guillaume Blanchet, Michael Friendly, Roeland Kindt, Pierre Legendre, Dan McGlinn, Peter R. Minchin, R. B. O'Hara, Gavin L. Simpson, Peter Solymos, M. Henry H. Stevens, Eduard Szoecs, Helene Wagner Maintainer Jari Oksanen Depends permute (>= 0.9-0), lattice, R (>= 3.0.0) Suggests parallel, tcltk, knitr Imports MASS, cluster, mgcv VignetteBuilder utils, knitr Description Ordination methods, diversity analysis and other functions for community and vegetation ecologists. License GPL-2 BugReports https://github.com/vegandevs/vegan/issues URL https://cran.r-project.org, https://github.com/vegandevs/vegan NeedsCompilation yes Repository CRAN Date/Publication 2016-09-07 14:41:37

R topics documented: vegan-package add1.cca . . . . adipart . . . . . adonis . . . . . anosim . . . . . anova.cca . . . as.mlm.cca . .

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R topics documented:

2 BCI . . . . . . . . beals . . . . . . . . betadisper . . . . . betadiver . . . . . . bgdispersal . . . . bioenv . . . . . . . biplot.rda . . . . . capscale . . . . . . cascadeKM . . . . cca . . . . . . . . . cca.object . . . . . CCorA . . . . . . . clamtest . . . . . . commsim . . . . . contribdiv . . . . . decorana . . . . . . decostand . . . . . designdist . . . . . deviance.cca . . . . dispindmorisita . . dispweight . . . . . distconnected . . . diversity . . . . . . dune . . . . . . . . dune.taxon . . . . . eigenvals . . . . . envfit . . . . . . . eventstar . . . . . . fisherfit . . . . . . goodness.cca . . . goodness.metaMDS humpfit . . . . . . indpower . . . . . isomap . . . . . . . kendall.global . . . linestack . . . . . . make.cepnames . . mantel . . . . . . . mantel.correlog . . MDSrotate . . . . . metaMDS . . . . . mite . . . . . . . . model.matrix.cca . monoMDS . . . . . MOStest . . . . . . mrpp . . . . . . . . mso . . . . . . . . multipart . . . . . .

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R topics documented: nestedtemp . . . . . nobs.adonis . . . . . nullmodel . . . . . . oecosimu . . . . . . ordiarrows . . . . . . ordiArrowTextXY . . ordihull . . . . . . . ordilabel . . . . . . . ordiplot . . . . . . . ordipointlabel . . . . ordiresids . . . . . . ordistep . . . . . . . ordisurf . . . . . . . orditkplot . . . . . . orditorp . . . . . . . ordixyplot . . . . . . pcnm . . . . . . . . permat . . . . . . . . permustats . . . . . . permutations . . . . permutest.betadisper plot.cca . . . . . . . prc . . . . . . . . . . predict.cca . . . . . . procrustes . . . . . . pyrifos . . . . . . . . radfit . . . . . . . . . rankindex . . . . . . rarefy . . . . . . . . raupcrick . . . . . . read.cep . . . . . . . renyi . . . . . . . . . reorder.hclust . . . . RsquareAdj . . . . . scores . . . . . . . . screeplot.cca . . . . . simper . . . . . . . . simulate.rda . . . . . sipoo . . . . . . . . . spantree . . . . . . . specaccum . . . . . . specpool . . . . . . . SSarrhenius . . . . . stepacross . . . . . . stressplot.wcmdscale taxondive . . . . . . tolerance . . . . . . . treedive . . . . . . .

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vegan-package tsallis . . . . . . varespec . . . . . varpart . . . . . . vegan-deprecated vegandocs . . . . vegdist . . . . . . vegemite . . . . . wascores . . . . . wcmdscale . . . .

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vegan-package

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Community Ecology Package: Ordination, Diversity and Dissimilarities

Description The vegan package provides tools for descriptive community ecology. It has most basic functions of diversity analysis, community ordination and dissimilarity analysis. Most of its multivariate tools can be used for other data types as well. Details The functions in the vegan package contain tools for diversity analysis, ordination methods and tools for the analysis of dissimilarities. Together with the labdsv package, the vegan package provides most standard tools of descriptive community analysis. Package ade4 provides an alternative comprehensive package, and several other packages complement vegan and provide tools for deeper analysis in specific fields. Package BiodiversityR provides a GUI for a large subset of vegan functionality. The vegan package is developed at GitHub (https://github.com/vegandevs/vegan/). GitHub provides up-to-date information and forums for bug reports. Most important changes in vegan documents can be read with news(package="vegan") and vignettes can be browsed with browseVignettes("vegan"). The vignettes include a vegan FAQ, discussion on design decisions, short introduction to ordination and discussion on diversity methods. A tutorial of the package at http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor. pdf provides a more thorough introduction to the package. To see the preferable citation of the package, type citation("vegan"). Author(s) The vegan development team is Jari Oksanen, F. Guillaume Blanchet, Roeland Kindt, Pierre Legendre, Peter R. Minchin, R. B. O’Hara, Gavin L. Simpson, Peter Solymos, M. Henry H. Stevens, Helene Wagner. Many other people have contributed to individual functions: see credits in function help pages.

add1.cca

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Examples ### Example 1: Unconstrained ordination ## NMDS data(varespec) data(varechem) ord